El primer dato escrito conocido en el que se menciona Cómpeta esta datado en Vélez el 29 de abril de 1.487, fecha de la rendición de las villas y lugares de la "Jarquía" a los Reyes Católicos, dos días después de la rendición de la propia ciudad de Vélez, que Luis del Mármol Carvajal en su libro "Rebelión y castigo de los moriscos de Granada" cuenta así:

"Por otra parte los moros de la ciudad de Vélez, habiendo perdido la esperanza del socorro, y viéndose muy apretados, entregaron la ciudad al rey don Hernando, viernes a 27 días del mes de abril del año de nuestra salud 1487, y del imperio de los alárabes 899; aunque otros dicen que fue a 10 días de aquel mes. Está esta ciudad puesta en la halda de la sierra de Bentomiz, media legua de la mar, y es la que los antiguos llamaron Meneba; más no está en el mesmo sitio, porque Meneba era en otro promontorio más a Poniente, donde se ven algunos edificios antiguos. Ganada la ciudad de Vélez, donde el Católico Rey hizo oficio de animoso y esforzado caballero, llegando en una escaramuza hasta la puerta de la ciudad, y alanceando un moro que le había muerto un paje, las villas y castillos de Bentomiz, Comares, Canillas, Narija, Cómpeta, Almojía, Mainate, Iznate, Benaque, Abní Aila, Ben Adalid, Chimbechinles, Pedupel, Bairo, Sinatán, Benicorram, Carjix, Buas, Casamur, Abistar, Jararax, Curbila, Rubite, Lacuz el Hadara, Alcuchaida, Daimas, el Borge, Borgaza, Máchar, Hajar, Cotetrox, Alhadac, Almedita, Aprina, Alautin, Periana y Maro, y otras muchas de la jarquía de Málaga y de la tierra de Vélez, se rindieron; y a los unos y los otros concedieron los Católicos Reyes las mesmas condiciones que a las ciudades de Ronda y Marbella, y villas y lugares de su tierra. Y dejando sus alcaides y gente de guerra en las fortalezas, fue luego el Rey Católico a cercar la ciudad de Málaga...",

Como alcaide fue nombrado Luis de Mena y como beneficiado, a cargo de los asuntos religiosos Cristóbal de Frías. El mismo autor antes mencionado describe la zona con estas palabras:

"La sierra de Bentomiz cae en los términos de la ciudad de Vélez, y como atrás dijimos, es un brazo que se aparta de la sierra mayor por bajo de los puertos de Zalia, y va atravesando hacia el mar Mediterráneo. Tiene de largo desde su principio hacia la mar ocho leguas, y de ancho seis, más o menos por algunas partes. Toda esta tierra es fragosísima, aunque fértil, poblada de muchas arboledas, abundante de fuentes frías y saludables, de donde proceden muchos arroyos de aguas claras, que bajan acompañados entre las peñas y piedras de aquellos valles; y sacándolos en acequias por las laderas, riegan sus huertas y hazas los moradores. Es buena la cría del ganado en esta sierra porque gozan hermosos pastos de verano y de invierno. Cuando cargan los fríos y las nieves, los apacientan por los otros términos de la ciudad de Vélez, que son espaciosos y muy templados, los cuales tienen a poniente la jarquía de Málaga, a levante la tierra de Almuñécar, al cierzo la de la ciudad de Alhama y villa de Archidona, y al mediodía el mar Mediterráneo iberio. Hay por toda la sierra grandísima cantidad de viñas, y de la uva hacen los moradores pasa de sol y de lejía, que venden a los mercaderes septentrionales, que vienen a la torre de la mar de Vélez cada año a cargar sus navíos, y la llevan a Bretaña, Inglaterra y a Flandes, y de allí la pasan a Alemaña y a Noruega y a otras partes. Demás desto, la cosecha del trigo y de la almendra les vale mucho dinero, y cogen tanto pan, que les basta para su sustento. La cría de la seda es en cantidad y tan fina, que iguala con la mejor que entra en la alcaicería de Granada. Alcanza un cielo tan claro y tan saludable, que haciéndola amenísima, cría los hombres ligeros, recios y de tan grande ánimo, que antiguamente los reyes moros los tenían por los más valientes, más sueltos y de mayor efeto que había en el reino de Granada, y ansí se servían dellos en todas las ocasiones importantes. Tenía veinte y dos lugares poblados de gente rica, cuyos nombres, comenzando a la parte de la mar, son estos: Torrox, Lautin, Periana, Algarrobo, Cuheila, Arenas, Bentomiz, Daimalos, Nerja, Competa, Fregiliana, Sayalonga, Salares, Curumbila, Batarjix, Arches, Canilles de Albaide, Benesscaler, Sedella, Rubite, Canilles de Aceituno y Alcaucín."

Tras la rendición y con la finalidad de asegurar el orden y la sumisión de los habitantes de la zona, se construyó en Cómpeta una fortaleza en 1.492 con una asignación de 60.000 maravedíes; al mando de la misma siguió el alcaide Luis de Mena. No sabemos por qué, tal vez por razones económicas, la fortaleza, siendo titular Francisco Hinestrosa, la mandó derribar los Reyes Católicos en la primavera de 1.498 junto a otras dieciséis del reino de Granada.

En concreto la obra "Castillos y fortalezas del antiguo Reino de Granada" presentada por don Mariano Alcocer Martínez, en el caso de Cómpeta, cuenta:

"Es villa con Ayuntamiento en el partido judicial de Torrox y tiene hoy 3.710 habitantes.

Situada en la falda de dos altos cerros al S. de la Sierra Tejeda a la parte N. de Torrox.
Pocos datos tenemos de esta fortaleza cuyas ruinas se ven aún en lo alto de la meseta; pero hemos encontrado en el archivo de Simancas una carta de los Reyes Católicos fechada en Madrid el 18 de noviembre de 1494 dirigida a doña Catalina Alvarez de la Horma, mujer que fue del difunto Alcayde de la fortaleza Don Luis de Mora, para que entregue a Don Juan de Hinestrosa Alcayde que fue de la villa, la fortaleza de Cómpeta por haber sido nombrado su Alcayde en 4 de Abril de 1494, con 60.000 mrs. de salario. Le sucedió en 14 de Septiembre de 1496 su hijo Francisco de Hinestrosa. En Abril de 1498 la mandaron derribar los Reyes Católicos."

Caída Granada comienza un acoso sobre los habitantes de las tierras conquistadas a fin de conseguir se le sometan totalmente. Ven la luz una serie de decretos y reales cédulas limitándoles sus costumbres, animándoles a bautizarse y aplicándoles gravosos impuestos.

A partir de 1.502 podemos hablar de moriscos. El 25 de mayo de 1.505 se firma en Sevilla el decreto que erige la parroquia de Cómpeta siguiendo al frente el beneficiado Cristóbal de Frías. Según la opinión de algunos el edificio que se usó como templo es el que ocupa hoy la ermita de San Sebastián, en el barrio, y cerca de El Portichuelo, cruce de los caminos que unen Vélez con Granada y la Alpujarra con la Axarquía. Leyendo a Mármol Carvajal, en su historia dice que el beneficiado de Cómpeta, en el momento de la rebelión de los lugareños, se refugió en la torre de la iglesia; la ermita antes dicha no tiene torre, ni vestigios de que la hubiera tenido en épocas anteriores, lo que me hace pensar que tal vez lo que hoy es centro del pueblo, donde se encuentra la iglesia y su torre, lo fuese también hace quinientos años. Por otro lado el libro de Apeos que se conserva en el Ayuntamiento de Cómpeta se refiere por tres veces a la ermita de San Sebastián, y nunca lo hace como Iglesia Parroquial.

El día de año nuevo de 1.567, Pedro de Deza, presidente de la Audiencia de Granada proclamó, en nombre de Felipe II el decreto que se llamó "La Pragmática". Preocupados por la creciente relación que los moriscos mantenían con los musulmanes del norte de África y temiendo una invasión, la Pragmática, que comenzaron a aplicar desde el día de su proclamación, tenía como propósito que los moriscos dejases definitivamente sus costumbres, vestimentas, lengua, baños públicos, a partir de tres años se consideraría un crimen hablar otra lengua que no fuese el español...

Si a esta presión unimos el declive económico sufrido por la industria de la seda (según la mayoría de los historiadores, en la base de la rebelión se encontraban personas pertenecientes a profesiones relacionadas con la industria de la seda) y la posibilidad de ayuda venida de África, tenemos la rebelión de los moriscos que se inició en Las Alpujarras en 1.568 y duró hasta 1.571.

Siguiendo a Mármol Carvajal, en Cómpeta, no obstante las noticias de la rebelión, la gente seguía tranquila y al menos aparentemente manifestaba su adhesión y obediencia a la corona.

En abril de 1.569 llegaron noticias traídas por un morisco de las Guájaras sobre la buena marcha de la guerra y la esperanza de ayuda del exterior, lo que convulsionó a los habitantes de Bentomiz. Había en Cómpeta un morisco llamado Martín Alguacil, vecino noble y de mucha autoridad, de linaje noble, cuya familia había tenido poder décadas antes.

Éste se acercó a Vélez a convencer a las autoridades españolas de la sumisión de los de Bentomiz al rey y a la fe cristiana. Enterado del proyecto de llamar a Vélez a los principales de la sierra a fin de detenerles y evitar así la participación de la comarca en la rebelión, se volvió a Cómpeta y tras ser llamado por el corregidor Arévalo de Zuazo se negó a ir y reuniendo en la plaza a su gente les dirigió estas palabras:

"Hermanos y amigos, que pensábades estar libres de los trabajos desta malaventura que los alpujarreños han movido: bien veis el pago que se nos da en premio de nuestra lealtad, pues, por no desatino que hicieron los monfís forasteros en compañía de algunos mozos livianos y de poco entendimiento en la venta de Pero Mellado, quiere la justicia de Vélez destruirnos a todos, no se contentando con haber hecho morir muchos de nuestros amigos y parientes, que sabemos que ni fueron en ello ni aun lo supieron, haciendo que se condenasen ellos mesmos con crueles invenciones de tormentos; y como les pesase de ver que estando toda la nación morisca alborotada, solo nosotros estemos quietos en nuestras casas, veis aquí una carta en que me envía a llamar el Corregidor. Yo entiendo que es para prenderme y hacerme morir, porque no tiene otro negocio conmigo, ni yo con él. También envía a llamar a Hernando el Darra. La muerte es cierta: yo pienso emplearla donde a lo menos no quede sin venganza, defendiendo nuestra libertad. Si muriésemos peleando, la madre tierra recibirá lo que produjo; y al que faltare sepultura que le esconda, no le faltará cielo que le cubra. No quiera Dios que se diga que los hombres de Bentomiz no osaron morir por su patria. Aben Humeya está poderoso; ha tenido muchas vitorias contra los cristianos; viénele gente de África en socorro; el gran señor de los turcos le ha prometido su favor; espéralo por momentos. Toda Berbería se mueve a defendernos. Venga pues, señoréenos a todos, y démosle obediencia; que los cristianos por moros declarados nos tienen; y no demos lugar a que rompiendo la equidad de las leyes, ejecuten solamente el rigor, llevándonos a la horca uno a uno».

Tras estas palabras y por su reputación le nombraron caudillo y capitán general a Hernando el Darra, nombraron también a tres alfaquíes para los asuntos religiosos, uno de Sedella, otro de Salares y el último de Daimalos.

Sin hacer daño a los cristianos viejos enviaron a los beneficiados a Vélez pidiéndoles que dijesen a las autoridades que el levantamiento había sido sin su consentimiento y debido a un tal Gironcillo y a gente forastera venida de otros lugares.

Para ello, aprovechando que el beneficiado de Cómpeta se había refugiado en la torre de la iglesia con otros cristianos, hizo pasar ante ellos a la misma gente cambiando las ropas y las armas varias veces para que pareciesen mucha gente.

Después que Cristóbal de Frías y los demás beneficiados se habían marchado recogieron comida, las pertenencias que pudieron y hombres, mujeres y niños se refugiaron en el Peñón o Fuerte de Frigiliana, por considerarlo un lugar defendible y más seguro que ningún otro de Bentomiz.

De él dice el cronista: "Este peñón está entre el lugar de Competa y la mar; tiene a levante el río de Chíllar, que corre por asperísimas quebradas de sierras; a poniente el de Lautín, que con igual aspereza se va a meter en la mar; a tramontana hace la sierra de Bentomiz una quebrada muy honda, de donde comienza a subir el peñón en mucha altura; y al mediodía vuelve a bajar con otra descendida muy áspera, que se parte en dos lomas: la una va entre levante y mediodía a dar al lugar de Fregiliana, y la otra, más a poniente, al castillo de Nerja; y quedando el peñón mucho más alto que ellas, sin padrastro que de ninguna parte le señoree, tiene las entradas tan fragosas de riscos y de peñas tajadas, que poca gente puesta arriba las puede defender a cualquier numeroso ejército."

Era el día 27 de mayo de 1.569, y aquel acontecimiento iba a cambiar definitivamente la historia de Cómpeta, villa próspera y rica que contaba en aquellos días con cerca de seiscientos habitantes, casi todos moriscos, salvo tres cristianos viejos, dedicados al cultivo de la vid, olivo, almendro, cereal, y morera principalmente.

Aunque Mármol Carvajal dice que en el llano que corona el peñón caben todos los moradores de la sierra de Bentomiz y mayor número, si lo hubiera, los levantados en la rebelión debieron encontrarse hacinados en la cumbre y llenos de agobio y ansiedad, pues si bien es cierto que es un lugar muy defendible, también lo es que es muy difícil escapar del mismo si te tienen rodeado como les sucedió a ellos.

Al día siguiente, Arévalo de Zuazo con la guarnición de Vélez intentó la toma del fuerte pero se vio obligado a abandonar ante la resistencia de los moriscos.

Tras la rebelión y para prevenir una invasión musulmana desde el norte de Africa, el rey hizo venir desde Italia parte del ejército allí instalado en 25 galeras al mando del Comendador Mayor de Castilla; llegados a la costa fue enviado Miguel de Moncada a Granada a pedir el permiso a Don Juan de Austria para que el ejercito interviniese en la toma del peñón. Concedido éste desembarcaron tres mil soldados, doscientos arcabuceros y sesenta caballos; el día 6 de junio Arévalo de Zuazo partió de Vélez con dos mil quinientos soldados y cuatrocientos caballos. El comendador instaló su campamento en la Fuente del Álamo y el corregidor en la fuente de El Acebuchal, en la umbría cerca de Puerto Blanco, hoy Puerto Blanquillo.

Tras varios ataques por ambos flancos y con grandes pérdidas de vidas, el 8 de junio fue tomado el peñón por los ejércitos del rey; cuenta nuestro autor que tras la toma muchos prefirieron despeñarse antes que caer esclavos de las tropas cristianas y otros, entre ellos Martin Alguacil y Hernando el Darra, huyeron hasta las Alpujarras uniéndose a los ejércitos de Aben Humeya y luego a los de Aben Aboo. No obstante, los prisioneros fueron numerosos y posteriormente expulsados y repartidos por otras partes de la península para evitar así una nueva rebelión.

Entre tanto, gente de Loja, Alhama, Alcalá la Real y Archidona, (calcula Mármol de Carvajal que ochocientos hombres de a pie y de a caballo), llegaron a la sierra de Bentomiz y saquearon las casas con todos los bienes que los refugiados en el peñón habían dejado escondidos.

Desde el 11 de junio hasta finales de 1.569 estuvo la sierra de Bentomiz despoblada; el 13 de diciembre volvieron a la zona Martín Alguacil y el Darra junto a otros cabecillas de la rebelión y se repartieron por sus pueblos de origen haciendo lo que habían visto en las Alpujarras: quemaban las iglesias, mataban a los cristianos viejos y saqueaban sus bienes. El Darra llegó a reunir a cerca de siete mil hombre de guerra con los que inquietaba Vélez, haciendo correr la voz de que en Cómpeta levantaría una frontera contra Castilla, cosa que esperaban todos los lugares de la "Jarquía" y hoya de Málaga; ante estos hechos el duque de Sesa envió a Antonio de Luna al frente de un ejército para que comprobase como estaban los ánimos e instalara presidios-fortalezas en Zalia, Cómpeta y Nerja. En Cómpeta, dejó al mando de doscientos hombres al capitán Antonio Pérez, regidor de Vélez.

Cuenta la Historia que los moriscos del Reino de Granada, también los de la villa de Cómpeta, fueron expulsados de su lugar, hasta Córdoba primeramente, y desde allí repartidos por tierras de Extremadura y Galicia, y posteriormente expulsados de la península en 1.609. Esta expulsión implicó no sólo el abandono de sus hogares, también fueron desposeídos de todos sus bienes.